Alpha Protocol’ün RPG yapısı, oyunun sadece hikaye tarafına dair olmayacak. Karakterimiz Michael Thorton’ı dilediğimiz tarzda bir ajana dönüştürmek elimizde olacak. Yakın dövüş, silah kullanma ve gizlilik yeteneği gibi üç temel yeteneğimiz olacak ve Thorton’ın tecrübe puanlarını bu yeteneklere dilediğimiz gibi dağıtabileceğiz. Tabii ki bu konuda biraz istikrarlı davranmamız gerekecek; çünkü Thorton’ın bütün yeteneklerini sonuna kadar kullanma şansımız olmayacak. Yani her RPG oyununda olduğu gibi bu oyunda da çingeneliğe lüzum yok! Kuytu köşelerde çözüm yolları arayabilecek, düşmanlarımıza ateşli silahlarımızla bodoslama dalabilecek veya onları tekme - tokat dövebileceğiz. Oyundaki silah yelpazesi oldukça geniş olacak ve hatta bu silahları parçalar ekleyerek geliştirebileceğiz. Mesela, bir tabancaya susturucu takabilecek veya bir pompalı tüfeğin ateş gücünü artırabileceğiz.

Alpha Protocol, grafik motoru olarak son zamanların popüler grafik motoru olan Unreal Engine 3’ü kullanıyor.