Oyunda Tom Paxton adındaki Şirket tarafından Lincoln Burrows’un, yani Başkan Yardımcısı’nın kardeşini öldürmekten dolayı hapse giren kişinin, zamanında elektrikli sandalyeye oturmasını garanti altına almakla görevlendirilen bir ajanı yöneteceğiz. Göreviniz ise Burrows’un kardeşi Michael Scofield’ın neden abisiyle aynı hapishanede bulunduğunu keşfetmek. Hapishanede kaldığı tüm bu süre içerisinde Paxton, içeri kaçak yollardan soktuğu ses kaydedicisine düşüncelerini aktararak kendine bir tür sigorta sağlıyor. Görünüşe göre adamımız patronuna pek güven duymayacak ve zaten oyunda ilerledikçe de kendinizi Scoldfield ve arkadaşlarının haricinde bir taraftan da Şirket’i araştırırken bulacaksınız.

Oyunun diziye paralel bir işleyişe sahip, birçok yeni sahne olanağı yanında oyundaki gizemi de arttırıyor.